El nombre o topónimo de Villaprovedo proviene de la aglutinación del sustantivo latino “Villa”, granja, pequeña quinta, mas el antropónimo o nombre de persona “Provedo”, seguramente el repoblador de la villa por el siglo IX-X.
Dentro del término municipal de Villaprovedo se localizó en su día el despoblado de “Abayala o bien San Martín de Boyala”, cuya iglesia parroquial advocaba a San Martín de Tours, localidad que permaneció habitada hasta los años finales del siglo XVI. Así, y como recuerdo de esta localidad se celebra a primeros de julio de cada año la fiesta de San Martín “el borrachín” invitando el ayuntamiento a vecinos y forasteros a una comida a base de escabeche, queso y vino. Guarda el pueblo una buena casa que cuenta con exquisitos ejemplares de rejería en forja y que la tradición asegura fue un hospital. Además, hasta los años de principio del siglo XIX contó la villa con una ermita que advocaba a Santa Bárbara y Santa Lucia de lo que no queda nada.
A mediados del siglo XIX Villaprovedo contaba con 100 casas en su casco urbano y cárcel y ayuntamiento en su mismo edificio, escuela de primeras letras con unos 50 alumnos, pagándose al maestro entre 12 y 14 fanegas de trigo. Había algunos telares de lino donde trabajaban las mujeres y disponía por entonces de unas 70 vecinas.
A mediados del siglo XIX, Villaprovedo contaba con 359 habitantes y en los inicios del siglo XX con 516.En 1930 disponía de 460 habitantes, en 1960 con 373, en 1991 con 123 para caer a tan solo 79 en el año 2006.